5-Analyse reproductible

Thibaut FABACHER

GMRC

Analyses reproductibles

Pourquoi c’est nécessaire

  • Structure de protéine (2001)

Alertes en 2006 puis retrait pour “erreur de programmation”

  • LancetGate Covid

Pourquoi c’est nécessaire

  • Remise en cause fait partie du processus scientifique

  • Rigeur et transparance aussi

Pourquoi c’est nécessaire

  • Ordinateur source d’erreur
p = 0.5
x= 0.4
(p-x-x)-(p-2*x)
[1] 0
p = 0.0000005
x= 0.00000000004
(p-x-x)-(p-2*x)
[1] -1.058791e-22

Pourquoi c’est nécessaire

  • Pile logiciel complexe

Pourquoi c’est nécessaire

  • Données complexes

  • Choix subjectifs dans le traitement des données

Historique

Les carnets de notes

Passage au numérique

Le mieux : Le fichier Texte

  • Lisible pour tous
  • Lisible par tous les sytèmes
  • Fichiers bruts

Pourquoi un fichier texte

  • toujours possible de les lire avec un éditeur de texte
  • même des années plus tard
  • Logiciels de recherche adaptés
  • Adapté à la gestion de version

Problème d’un fichier texte

  • Pas de mise en forme

  • Pas de lien de navigation

  • Pas d’outils complexe comme biblio et table des matières

Solution

Les langages de balisage

                    <div id="mw-content-text" class="mw-body-content mw-content-ltr" lang="fr" dir="ltr"><div class="mw-parser-output"><div class="bandeau-container homonymie plainlinks hatnote" style=""><div class="bandeau-cell bandeau-icone metadata" style="display:table-cell;padding-right:0.5em"><a href="/wiki/Aide:Homonymie" title="Aide:Homonymie"><img alt="Page d’aide sur l’homonymie" src="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/a9/Logo_disambig.svg/20px-Logo_disambig.svg.png" decoding="async" width="20" height="15" class="noviewer" srcset="//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/a9/Logo_disambig.svg/30px-Logo_disambig.svg.png 1.5x, //upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/a9/Logo_disambig.svg/40px-Logo_disambig.svg.png 2x" data-file-width="512" data-file-height="375" /></a></div><div class="bandeau-cell" style="display:table-cell;padding-right:0.5em">
<p>Pour les articles homonymes, voir <a href="/wiki/Balise" class="mw-disambig" title="Balise">Balise</a>.
</p>
</div></div>
<p>En <a href="/wiki/Informatique" title="Informatique">informatique</a>, les <b>langages de balisage</b> représentent une classe de <a href="/wiki/Langage" title="Langage">langages</a> spécialisés dans l'enrichissement d'information textuelle. Ils utilisent des <b>balises</b>, unités syntaxiques délimitant une séquence de caractères ou marquant une position précise à l'intérieur d'un flux de caractères (par exemple un <a href="/wiki/Fichier_texte" title="Fichier texte">fichier texte</a>).
</p><p>L'inclusion de balises permet de transférer à la fois la <a href="/wiki/Structure_de_donn%C3%A9es" title="Structure de données">structure</a> du document et son contenu. Cette structure est compréhensible par un <a href="/wiki/Programme_informatique" title="Programme informatique">programme informatique</a>, ce qui permet un traitement automatisé du contenu.
</p>
<meta property="mw:PageProp/toc" />
<h2><span id=".C3.89l.C3.A9ments_de_syntaxe"></span><span class="mw-headline" id="Éléments_de_syntaxe">Éléments de syntaxe</span><span class="mw-editsection"><span class="mw-editsection-bracket">[</span><a href="/w/index.php?title=Langage_de_balisage&amp;veaction=edit&amp;section=1" class="mw-editsection-visualeditor" title="Modifier la section : Éléments de syntaxe">modifier</a><span class="mw-editsection-divider"> | </span><a href="/w/index.php?title=Langage_de_balisage&amp;action=edit&amp;section=1" title="Modifier la section : Éléments de syntaxe">modifier le code</a><span class="mw-editsection-bracket">]</span></span></h2>
<p>La caractéristique principale des langages de balisage est d'utiliser des balises.
Le rôle des balises est de proposer une syntaxe pour délimiter une séquence de caractères ou pour marquer une position précise dans un flux de caractères.
</p><p>Un exemple en langage <a href="/wiki/LaTeX" title="LaTeX">LaTeX</a>&#160;:
</p>

Intérêt des langages de balisages

  • Automatisé la mise en forme du texte

  • Séparer le fond de la forme

Les langages de balisages

  • HTML
  • LATEX
  • Markdown

LATEX

  • Très utilisé en science, notamment pour les formule

  • Produit un Pdf

  • Nécessité d’un logiciel pour une sortie en pdf (tinytex, …)

  • Mise en forme agréable

  • Compliqué, verbeux

\documentclass[french]{article}

\usepackage[
backend=biber,
style=alphabetic,
citestyle=authoryear
]{biblatex}
\addbibresource{These.bib}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{url}
\title{CR réunion}
\author{Author}
\date{November 2020}

\begin{document}
\maketitle

\section{21/10/22}
\subsection{fait}
\begin{itemize}
    \item item1
    \item item2
\end{itemize}
\subsection{Discussion}

Le latex est très utile pour mettre des formules dans du texte:

\[ \begin{equation} x = a_0 + \frac{1}{\displaystyle a_1 + \frac{1}{\displaystyle a_2 + \frac{1}{\displaystyle a_3 + a_4}}} \end{equation} \]

Markdown

  • Syntaxe simple

  • Aisé à saisir dans un éditeur de texte

  • Lisible sans être formaté

  • Pandoc permet la convertion en html

  • Intégré dans Rstudio (PDF, word, html)

Markdown

rmd

# Titre niveau 1
## Titre niveau 2
### Titre niveau 3
#### Titre niveau 4
##### Titre niveau 5
###### Titre niveau 6

html

<h1>Titre niveau 1</h1>
<h2>Titre niveau 2</h2>
<h3>Titre niveau 3</h3>
<h4>Titre niveau 4</h4>
<h5>Titre niveau 5</h5>

Master Intelligence des données de santé / UE Technique